マニフェスト制度は、厚生省（現環境省）の行政指導で平成2年に始まりました。その後、平成5年4月には、産業廃棄物のうち、爆発性、毒性、感染性、その他の人の健康や生活環境に被害を生じるおそれのある特別管理産業廃棄物の処理を他人に委託する場合に、マニフェストの使用が義務付けられました。
平成10年12月からはマニフェストの適用範囲がすべての産業廃棄物に拡大されるとともに、従来の複写式伝票（以下、「紙マニフェスト」という）に加えて、電子情報を活用する電子マニフェスト制度（以下、「電子マニフェスト」という）が導入されました。これにより、排出事業者は紙マニフェストまたは電子マニフェストを使用することになりました。
さらに、平成13年4月には、産業廃棄物に関する排出事業者責任の強化が行われ、マニフェスト制度についても、中間処理を行った後の最終処分の確認が義務付けられました。

排出事業者（中間処理業者が排出事業者となる場合も含む）は、マニフェストの交付後90日以内（特別管理産業廃棄物の場合は60日以内）に、委託した産業廃棄物の中間処理（中間処理を経由せず直接最終処分される場合も含む）が終了したことを、マニフェストで確認する必要があります。また、中間処理を経由して最終処分される場合は、マニフェスト交付後180日以内に、最終処分が終了したことを確認する必要があります。
排出事業者は、上記の期限を過ぎても処理業者からのマニフェストによる処理終了報告がない場合には、委託した産業廃棄物の処理状況を把握した上で適切な措置を講ずるとともに、その旨を都道府県等に報告する必要があります

電子マニフェスト制度は、マニフェスト情報を電子化して、排出事業者、収集運搬業者、処分業者の3者が情報処理センターを介したネットワークでやり取りする仕組みです。
法第13条の2の規定に基づき、公益財団法人日本産業廃棄物処理振興センターが全国で1つの「情報処理センター」として指定され、電子マニフェストの運営を行っています。
電子マニフェストを利用する場合には、排出事業者と委託先の収集運搬業者、処分業者の3者の加入が必要ですが、関係者間における情報管理の合理化によって、「事務処理の効率化」、「データの透明性」の確保、「法令の遵守」の徹底等を図ることができます。


詳しくはJWNET 日本産業廃棄物処理振興センターページへ

1）紙マニフェストの交付
排出事業者は、マニフェスト（7枚複写A・B1・B2・C1・C2・D票・E票）に必要事項を記入し、交付します。廃棄物の引渡し時に、収集運搬業者による署名または押印を得て後、A票を手元に残し、残りのマニフェストを収集運搬業者に渡します。排出事業者はそのA票を5年間保存します。
2）運搬終了時
収集運搬業者は、残りのマニフェストを廃棄物とともに処分業者に渡します。処分業者は所定欄に署名のうえ、B1票B2票を収集運搬業者に返します。収集運搬業者はB1票を保管し、B2票を排出事業者に送付（10日以内）し、運搬終了を報告します。
3）処分終了時
処分業者は、処分終了後、マニフェストの所定欄に署名し、収集運搬業者にC2票を、排出事業者にD票（最終処分の場合はE票も併せて）を送付（10日以内）し、C1票は自ら保存します。処分（中間処理）業者は受託した産業廃棄物を中間処理した残さ（中間処理産業廃棄物）の最終処分が終了するまでの間E票を保管します。
4）最終処分終了時
処分業者は、自ら交付したマニフェスト（2次マニフェスト）等により最終処分の終了を確認し、保管していた排出事業者のE票に最終処分終了年月日、最終処分の場所を記載の上、排出事業者に返送（10日以内）します。
5）返送されたマニフェストの確認および保存
ア.排出事業者による確認
排出事業者は、A票と収集運搬業者、処分業者から戻ってきたB2票、D票、E票を照合し、適正であることを確認しなければなりません。
イ.マニフェスト伝票の保存
排出事業者および処理・処分業者が保存しなければならないマニフェスト伝票は、下表のとおりです。保存期間は、マニフェストの交付日または送付を受けた日から5年間です。
（法第12条の3第2、9、10項）